Datos ISCIII COVID-19 por CCAA

# knitr::spin("acumula22_hist.R", knit = FALSE) # Crea .Rmd
# knitr::purl("acumula22_hist.Rmd", documentation = 2) # Crea .R spin

# PENDIENTE:
#   Generar un fichero de cambios:
#         Bucle last:2 / Empezar solo con last
#         Añadir ficheros 2:(last - 1) a files[last] y calcular diferencia/error y lag/horizonte
#   Análisis descriptivo: dispersión/boxplot error|lag

library(dplyr, warn.conflicts = FALSE)
library(tidyr)

files <- dir(pattern = paste0('^acumula22_\\d{2}_\\d{2}_\\d{2}\\.RData'))
# Los nombres de los archivos contienen las fechas de reporte (datos del día anterior)
fechas.txt <- substr(files, 11, 18)
fechas <- as.Date(fechas.txt, format = "%y_%m_%d") 
last <- length(files)
semanas <- 6
fechas.semanas <- fechas[last] - 7*(semanas:1) - 1
fecha.ini <- fechas.semanas[1]
colors <- gray((last - seq_along(files))/last)


# Cargar datos
datos <- lapply(files, function(f) {
  load(f)
  return(acumula22)
})
names(datos) <- fechas

# Obtener niveles
load("../ccaas.RData")
iso <- names(datos[[1]]) # names(ccaas) 
respuestas <- c("confirmados", "hospitalizados", "uci", "fallecidos") # names(datos[[1]][[1]])

Se genera un gráfico con toda la serie hasta 2021-07-21 y otro de las últimas 6 semanas (desde 2021-06-09).

El color de las líneas se corresponde con la fecha en la que se reportaron los datos (se muestra también el día del mes en el segundo gráfico).

xlim2 <- c(fecha.ini, max(fechas) + 1)
plot(NULL ,xaxt='n',yaxt='n',bty='n',ylab='',xlab='', xlim=0:1, ylim=0:1)
legend("top", rev(names(datos)), lty = 1, col = rev(colors), ncol = 5)

for (ca in iso) { # ca <- "ES"
  cat("\n\n# ",  ccaas[ca], "\n\n")

  for (r in respuestas) {  # r <- "confirmados"
    cat("\n\n## ", r, "\n\n") 
    
    ymax <- max(sapply(datos, function(d) max(d[[ca]][[r]]$observado)))
    
    old.par <- par(mfrow = c(1, 2))

    plot(observado ~ fecha, data = datos[[last]][[ca]][[r]], 
         type = "l", main = paste(ccaas[ca], r), xlab = "Fecha", ylab = r,
         col = colors[last], ylim = c(0, ymax))
    lapply(1:(last-1), function(i) 
         lines(observado ~ fecha, data = datos[[i]][[ca]][[r]], 
               col = colors[i]))     
    # legend("topleft", rev(names(datos)), lty = 1, col = rev(colors))
    

    d <- filter(datos[[last]][[ca]][[r]], fecha > fecha.ini - 1)
    ymin <- min(d$observado) * 0.95
    plot(observado ~ fecha, data = d, 
         type = "l", main = paste(ccaas[ca], r), xlab = "Fecha", ylab = r,
         lwd = 2, col = colors[last], 
         xlim = xlim2, ylim = c(ymin, ymax))
    abline(v = fechas.semanas, lty = 3, col = "lightgray")
    lapply(1:(last-1), function(i) 
         lines(observado ~ fecha, data = datos[[i]][[ca]][[r]], 
               col = colors[i], subset = fecha > fecha.ini - 1))
    # legend("topleft", rev(names(datos)), lty = 1, col = rev(colors))
    lapply(1:last, function(i) {
        d <- datos[[i]][[ca]][[r]]
        text(d[nrow(d), c("fecha", "observado")], 
             labels = format(fechas[i], "%d"), pos = 4)
    })
    
    par(old.par)
    
  } # for (r in respuestas)  
} # for (ca in iso)

España

confirmados

hospitalizados

uci

fallecidos

Andalucía

confirmados

hospitalizados

uci

fallecidos

Aragón

confirmados

hospitalizados

uci

fallecidos

Asturias

confirmados

hospitalizados

uci

fallecidos

Canarias

confirmados

hospitalizados

uci

fallecidos

Cantabria

confirmados

hospitalizados

uci

fallecidos

Castilla y León

confirmados

hospitalizados

uci

fallecidos

Castilla-La Mancha

confirmados

hospitalizados

uci

fallecidos

Cataluña

confirmados

hospitalizados

uci

fallecidos

Ceuta y Melilla

confirmados

hospitalizados

uci

fallecidos

Comunidad Valenciana

confirmados

hospitalizados

uci

fallecidos

Extremadura

confirmados

hospitalizados

uci

fallecidos

Galicia

confirmados

hospitalizados

uci

fallecidos

Islas Baleares

confirmados

hospitalizados

uci

fallecidos

La Rioja

confirmados

hospitalizados

uci

fallecidos

Madrid

confirmados

hospitalizados

uci

fallecidos

Murcia

confirmados

hospitalizados

uci

fallecidos

Navarra

confirmados

hospitalizados

uci

fallecidos

País Vasco

confirmados

hospitalizados

uci

fallecidos